Inventarierea speciilor protejate presupune identificarea, localizarea și caracterizarea speciilor de floră și faună de interes național și comunitar, incluse în anexele Directivelor Habitate și Păsări.

Activitățile includ observații directe în teren, utilizarea metodelor standardizate de monitorizare, înregistrarea datelor geospațiale și corelarea cu bibliografia de specialitate. Se urmărește stabilirea distribuției, abundenței și stării de conservare a speciilor.

Această activitate este reglementată de Directiva 92/43/CEE (Anexele II și IV), Directiva 2009/147/CE privind protecția păsărilor sălbatice și Ordinul nr. 1198/2005 privind aprobarea Listei speciilor de floră și faună sălbatice protejate.