Monitorizarea biodiversității constă în urmărirea periodică a stării de conservare a habitatelor și speciilor, în scopul identificării tendințelor ecologice și al fundamentării deciziilor de management.

Activitățile includ colectarea de date în teren, utilizarea indicatorilor ecologici, analiza statistică și integrarea rezultatelor în seturi de date geospațiale. Se evaluează modificările în structura și funcționarea ecosistemelor, precum și presiunile antropice.

Monitorizarea este reglementată de art. 11 și 17 din Directiva 92/43/CEE și de Ordinul nr. 901/2023, care include cerințe metodologice pentru planurile de management și protocoalele de monitorizare.